Joseph John Thomson 18 aralık 1856`da Manchester varoşlarından Cheetham Hill`de doğdu. 1870`de Owens College ve 1876`da Trinity College, Cambridge` e burslu olarak girdi. 1880`de Trinity College`e akademi üyesi seçildi .Hayatı boyuncada akademi üyesi olarak kaldı. Daha sonra Lord Rayleigh`ın yerine Cambridge`e deneysel fizik profesörü oldu.
1884-1918 yılları arasında Cambridge ve Royal Institution`ın onursal profesörlüğüyle onurlandırıldı.
Thomson`un ilk inceleme konusu ona 1884`de Adams ödülünü kazandıran, Treatise on the Motion of Vortex Rings adlı yapıtında bahsettiği, atomun yapısı üzerineydi. Onun, Application of Dynamics to Physics and Chemistry ve Notes on Recent Researches in Electricity and Magnetism adlı yapıtları, 1886 ve 1892 yıllarında yayımlandı. Bu son çalışması James Clerk Maxwell`in ünlü Treatise adlı yayımından sonra Maxwell`in üçüncü cildi olarak anılır. Ayrıca Thomson, Profesör J. H. Poynting `le dört ciltlik Properties of Matter adlı ders kitabında işbirliği yaptı. Ve 1885 yılında Elements of the Mathematical Theory of Electricity and Magnetism `i yayımladı.
Thomson, 1896 yılında Princeton Universite` sine son çalışmalarını özetleyen dört konferans vermek için gitti. Bu konferanslar daha sonra Discharge of Electricity through Gases (1897) ismiyle yayımlandı. Amerika`dan dönüşünde hayatının en görkemli çalışmasını gerçekleştirdi. Bu çalışma 30 şubat 1897`de Royal Institution `daki konferansında açıklayacağı, elektronun keşfiyle sonuçlanan Cathode ışıması idi.
Onun 1903 `de yayımlanan Conduction of Electricity through Gases adlı kitabı, Rayleigh tarafından Thomson`un Cavendish Laboratuvarı` ndaki çalışmalarının bir gözden geçirmesi olarak nitelendirilmiştir. Bu yayımın daha sonraki basımını kardeşiyle birlikte iki cilt olarak 1928 ve 1933 yıllarında yayımladı.
Thomson, 1904 yılında Yale Universite `sinde elektrik üzerine altı konferans vermek için geri döndü. Bu konferanslar atomun yapısı üzerine bazı önerilerde bulunuyordu. Thomson, faklı atom ve molekülleri ayrıştırmak için bir yöntem geliştirdi. Bu yöntem daha sonra Aston, Dempster ve diğerleri tarafından birçok izotop`un bulunmasına yol açtı. Yukarıda bahsedilenler dışında, The Structure of Light (1907), The Corpuscular Theory of Matter (1907), Rays of Positive Electricity (1913), The Electron in Chemistry (1923) and his autobiography, Recollections and Reflections (1936), adlı yayımlarıda bulunmaktadır.
1884 yılında Royal Society üyeliğine seçildi. Ve 1916-1920 yılları arasında başkanlığını yaptı. 1894-1902 yıllarında Royal ve Hughes Madalyalarını, 1914 yılında Copley Madalyasını aldı. 1902`de Hodgkins Madalyası (Smithsonian Institute, Washington) ;1923`de Franklin Madalyası ve Scott Madalyası (Philadelphia), 1927`de Mascart Madalyası (Paris), 1931`de Dalton Madalyası (Manchester),ve 1938`de Faraday Madalyası (Institute of Civil Engineers) aldı. British Association `nın 1909`da başkanlığını yaptı. Ve Oxford, Dublin, London, Victoria, Columbia, Cambridge, Durham, Birmingham, Göttingen, Leeds, Oslo, Sorbonne, Edinburgh, Reading, Princeton, Glasgow, Johns Hopkins, Aberdeen, Athens, Cracow ve Philadelphia Universite`lerinden doktora diploması aldı.
1890`da Rose Elisabeth ile evlendi. Bir oğulları oldu. 30 Ağustos 1940 yılında öldü.
